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1933年参加第五届泛太平洋科学会议中国代表团做首席代表,1934年与翁文灏等发起成立中国地理学会,1935年派人设立拉萨测候所,被选为中央研究院评议员。
1936年任浙江大学校长(兼气象研究所所长)。抗战爆发,敌焰迫近杭州时率校西迁江西泰和。西迁中,电告教育部并建议将存浙文澜阁四库全书内迁。获同意,由浙江大学协助运存贵阳。
1938年,敌骑入赣,率校再迁广西宜山,倡立“求是”校训。1939年冬,敌骑犯桂,12月率校迁黔北。
1940年初定居遵义、湄潭,直至1946年夏复员返杭。正当竺可桢忙于勘察第三次迁校新址时,他的次子竺衡和夫人张侠魂相继病逝,竺可桢在这突来的打击下,以极大坚毅忍住精神创痛,顺利完成了迁校任务。
至此6年中,竺可桢锐意发展浙江大学,开展科学研究,提高学术与教学水平,扩充院系,设分校,培植良好学风,使浙江大学声誉大增。
1940年3月15日,竺可桢与陈汲在重庆举行婚礼。
1940年12月14日,陈汲生一女孩,小名毛毛,大名竺松。
1946年,组织浙江大学迁回杭州,增设医学院。他本人被选为国际气象学会气候学委员,作为中国代表团成员之一出席联合国教科文组织成立大会。
1947年,“于子三案”发生,而围绕所谓“于子三系自杀”的定谳,竺可桢与国民党当局几成决裂之势。而围绕安葬和纪念于子三,竺可桢亦与“学运”方面发生摩擦,几乎受到“葛杯”。
1948年被选为中央研究院院士。1949年4月下旬婉拒教育部长杭立武电催赴沪去台,只身赴沪暂居。7月应邀至北平参加全国自然科学工作者代表会议筹备会、全国教育工作者代表会议筹备会。8月先后参加人民政协筹备会议及中国人民政治协商会议第一届全体会议。
在讨论制订《共同纲领》过程中,提出专列发展自然科学一条的建议,被采纳。10月1日参加中华人民共和国成立大典。被任命为中国科学院副院长,主要分管自然科学研究方面的组织领导工作。
根据国家关于科学研究工作的方针,竺可桢广泛征求意见,制定调整、建立研究机构的原则,并组织实施;选聘研究人才,组织与高等院校的合作,大力开展科学研究工作。